聖伯鐸教堂位於阿西河西岸，朝聖山腳下。雖然確切的建造日期已不可考，但據信聖伯鐸首次佈道的洞穴外部，在基督教被羅馬帝國定為國教後，被改造成教堂。

基督教興起於西元1世紀上半葉，首次傳到耶路撒冷以外的安提阿。在安提阿，信仰耶穌的人首次被稱為基督徒。

聖伯鐸教堂見證了第一批自稱「基督徒」的人們的宗教生活。由於基督教被接受，尤其是聖伯鐸成為第一位教皇，它在天主教信仰向世界傳播的過程中佔據了中心地位。

耶穌的十二使徒之一聖伯鐸在公元29年至40年間來到安提阿，並試圖在這座教堂傳播基督教。他認為，由於香料之路和絲綢之路是最重要的貿易路線，傳播一神教將會很容易。在此期間，安提阿是羅馬帝國的第三大城市，擁有高大堅固的城牆，是一座物質和文化資源豐富的城市。

然而，傳播一神教並非易事。他受到異教徒的死亡威脅。聖伯鐸開始將他發現的洞穴用作教堂。秘密聚會和禮拜從這裡開始。這座洞穴是安提阿最早的基督徒用來進行秘密聚會的地方，被認為是基督教最古老的教堂之一。

「基督徒」這個名字第一次被賦予這裡的會眾，正是在這座舉行宗教聚會的教堂裡，聖伯鐸教堂成為了最早的基督教教堂之一。聖伯鐸教堂在分裂為天主教、東正教和新教之前，被稱為基督教的第一座教堂。